Fisk Lab 的基于熒光的有義密碼子重新分配屏幕。我們的篩選評(píng)估了反密碼子修飾的 tRNA 結(jié)合酪氨酸 (Tyr) 以響應(yīng)在標(biāo)準(zhǔn)大腸桿菌遺傳密碼中分配了另一個(gè)身份的有義密碼子的能力。超級(jí)文件夾 GFP 的殘基 65-67 指定了自動(dòng)化折疊成三肽熒光團(tuán)的 Thr-Tyr-Gly 序列。用任何其他天然氨基酸替換第 66 位的 Tyr 可有效消除蛋白質(zhì)的熒光。(生物化學(xué), 2015, 54 (50), pp 7355–7364)

我們的研究重點(diǎn)是膜蛋白的結(jié)構(gòu)表征和從頭蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)，以了解與人類疾病相關(guān)的生物過(guò)程并開(kāi)發(fā)新的治療方法。 蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)：我們使用從頭蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)來(lái)測(cè)試我們的知識(shí)是否已經(jīng)足夠先進(jìn)，可以根據(jù)第一原理生成結(jié)構(gòu)和功能。我們的實(shí)驗(yàn)室還使用這種方法將所需的功能整合到生物系統(tǒng)中。 整合素抑制劑：我們研究整合素中信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和構(gòu)象變化的機(jī)制，并設(shè)計(jì)了特定整合素的新型小分子抑制劑，用作組織纖維化和其他疾病的治療劑。 流感：我們研究甲型流感的基質(zhì) 2 蛋白 (M2)，它是在流感病毒包膜中發(fā)現(xiàn)的藥物靶標(biāo)。 阿爾茨海默?。何覀儗?duì)結(jié)構(gòu)表征和破壞與阿爾茨海默病相關(guān)的 Aβ 積累感興趣。 細(xì)菌感知：我們對(duì)細(xì)菌感知環(huán)境和適應(yīng)不同環(huán)境壓力的機(jī)制感興趣。 計(jì)算工具：我們采用了一種受自然啟發(fā)的蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)方法。

CCMS 開(kāi)創(chuàng)的光譜網(wǎng)絡(luò)范式在三個(gè)基本方面不同于解釋串聯(lián)質(zhì)譜的主流范式。首先，光譜網(wǎng)絡(luò)基于將光譜與其他光譜而不是與蛋白質(zhì)序列進(jìn)行匹配。其次，光譜網(wǎng)絡(luò)甚至在考慮可能的識(shí)別之前就從相關(guān)肽（例如，修飾/未修飾或重疊序列變體）中找到光譜。第三，光譜網(wǎng)絡(luò)確定來(lái)自相關(guān)肽的光譜組的一致識(shí)別，而不是單獨(dú)嘗試一次識(shí)別每個(gè)光譜。

滲透性分析開(kāi)發(fā) 大多數(shù)膜通透性測(cè)定是在基于細(xì)胞的系統(tǒng)（如 CACO-2）或非膜無(wú)細(xì)胞系統(tǒng)（如 PAMPA）中進(jìn)行的。我們正在開(kāi)發(fā)一種基于脂質(zhì)體的滲透性系統(tǒng)，旨在反映生理上準(zhǔn)確的磷脂雙層中的被動(dòng)滲透性。 固相合成方法 我們正在開(kāi)發(fā)構(gòu)建環(huán)狀肽的新方法，其靈感來(lái)自于天然產(chǎn)物，例如環(huán)孢菌素 A、destruxins 和 aureobasidin E。這些環(huán)狀肽中的許多都包含主鏈修飾，例如 N-甲基化和內(nèi)酯 (depsi) 鍵，用于增加它們的結(jié)構(gòu)多樣性并增強(qiáng)膜通透性和代謝穩(wěn)定性。我們對(duì)新的合成方法感興趣，這些方法有助于合成含有這些非蛋白氨基酸和連接的環(huán)狀肽的天然產(chǎn)物樣文庫(kù)。 環(huán)肽文庫(kù) 我們正在使用面向多樣性的合成技術(shù)來(lái)生成受天然產(chǎn)物啟發(fā)的大型環(huán)狀肽庫(kù)。我們正在使用從模型系統(tǒng)研究中學(xué)到的原則，使圖書館成員偏向于膜通透性和代謝穩(wěn)定性。 抑制蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用