在多肽研究中,經(jīng)常碰到雙標(biāo)記多肽,那么如何畫出其二維結(jié)構(gòu)呢
例如一條多肽RGD-RGD,需要左邊標(biāo)記Dabcyl,右邊標(biāo)記Edans,一般是標(biāo)記在多肽的兩端,有以下兩種標(biāo)記方式。
第一種是Edans直接標(biāo)記與多肽的C端羧基上,書寫為 Dabcyl-RGD-RGD-Edans,輸入到多肽結(jié)構(gòu)計算器中,得到下面的結(jié)構(gòu)
這種Edans的標(biāo)記位點,需要液相和固相相結(jié)合的合成方法,成本比較高,價格也會高一點。
第二種是在C端加一個谷氨酸Glu,單字母是E,然后Edans標(biāo)記于E的側(cè)鏈,書寫為 Dabcyl-RGD-RGD-E(Edans),輸入到多肽結(jié)構(gòu)計算器中,得到下面的結(jié)構(gòu)
這種Edans的標(biāo)記位點,僅多肽的固相合成方法,即可,成本較低,價格也比較便宜,且原先多肽C端的羧基還留著,是大部分客戶的最終選擇。
當(dāng)然,Dabcyl和Edans也可以在多肽中的任意位置,例如H2N-Arg-Glu(Edans)-Ile-His-Pro-Phe-His-Leu-Val-Ile-His-Thr-Lys(Dabcyl)-Arg-COOH
輸入到多肽結(jié)構(gòu)計算器中,得到下圖
Dabcyl也可換成 Dansyl,
例如輸入
Dansyl-RGD-RGD-Edans
Dansyl-RGD-RGD-E(Edans)
下面是常見的雙標(biāo)記多肽序列:均可輸入到多肽結(jié)構(gòu)計算器中,得到結(jié)構(gòu)圖。
DABCYL-Gaba-Pro-Gln-Gly-Leu-Glu(Edans)-Ala-Lys-NH2
DABCYL-Lys-Thr-Ser-Ala-Val-Leu-Gln-Ser-Gly-Phe-Arg-Lys-Met-Glu-EDANS
Dansyl-Gly-Leu-Arg-Thr-Gln-Ser-Phe-Ser-EDANS
H2N-Ser-Ser-Arg-Leu-Ala-EDANS
H2N-Ala-Pro-Val-EDANS
H2N-Arg-Glu(Edans)-Ser-Gln-Asn-Tyr-Pro-Ile-Val-Gln-Lys(Dabcyl)-Arg-COOH
DABCYL-Ser-Glu-Val-Asn-Leu-Asp-Ala-Glu-Phe-EDANS
DABCYL-Gaba-Ser-Gln-Asn-Tyr-Pro-Ile-Val-Gln-EDANS
DABCYL-Glu-Arg-Nle-Phe-Leu-Ser-Phe-Pro-EDANS
H2N-Glu(Edans)-Lys-Pro-Ala-Lys-Phe-Phe-Arg-Leu-Lys(Dabcyl)-NH2
DABCYL-Arg-Thr-Ala-Thr-Val-Gln-Gly-Pro-Ser-Leu-Asp-Phe-Ala-EDANS
DABCYL-Arg-Thr-Ala-Thr-Val-Gln-Gly-Pro-Ser-Leu-Asp-Phe-EDANS
H2N-Glu(Edans)-Pro-Leu-Phe-Ala-Glu-Arg-Lys(Dabcyl)-COOH
Ac-Glu-Asp(Edans)-Lys-Pro-Ile-Leu-Phe-Phe-Arg-Leu-Gly-Lys(Dabcyl)-Glu-NH2
DABCYL-Gaba-Pro-Asn-Gly-Leu-Glu-EDANS
DABCYL-Arg-Gly-Val-Val-Asn-Ala-Ser-Ser-Arg-Leu-Ala-EDANS
DABCYL-Thr-Met-Lys-Glu-Met-Gly-Arg-Asn-Glu(Edans)-COOH
H2N-Arg-Glu(Edans)-Ile-His-Pro-Phe-His-Leu-Val-Ile-His-Thr-Lys(Dabcyl)-Arg-COOH
DABCYL-Arg-Thr-Ala-Thr-Val-Gln-Gly-Pro-Ser-Leu-Asp-Phe-Glu-EDANS
DABCYL-Ile-Lys-Thr-Glu-Glu-Ile-Ser-Glu-Val-Asn-Leu-Asp-Ala-Glu-Phe-EDANS
DABCYL-Leu-Ala-Gln-Ala-Val-Arg-Ser-Ser-Ser-Arg-EDANS
DABCYL-Val-Asn-Leu-Asp-Ala-EDANS
DABCYL-Gaba-Ile-His-Pro-Phe-His-Leu-Val-Ile-His-Thr-EDANS
DABCYL-Tyr-Val-Ala-Asp-Ala-Pro-Val-EDANS
結(jié)構(gòu)計算器導(dǎo)航:百度搜索“專肽生物”,進(jìn)入專肽生物官網(wǎng)首頁,點擊多肽計算器,選擇多肽結(jié)構(gòu)計算器即可。
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