作 者:Qingtao Wei, Jiajing Chen, Juan Mi, Jiahai Zhang, Ke Ruan*, Jihui Wu*
中文摘要:核磁共振(NMR) 技術(shù)是研究蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)以及動力學(xué)性質(zhì)的強有力工具之一。但是對于分子量比較大的蛋白質(zhì)而言,快速的信號弛豫、信號?堆疊以及信號簡并導(dǎo)致核磁共振信號(化學(xué)位移)的指認成為了一個難以逾越的障礙。因此,我們提出了一種利用協(xié)方差(Covariance)NMR技術(shù)以及具有高靈敏度的三維核磁共振譜HN(CO)CA, HNCA去進行大蛋白質(zhì)主鏈化學(xué)位移指認的新思路。通過利用對化學(xué)位移微小錯位非常敏感的線性相關(guān)系數(shù)(LCC),我們成功的鑒定了一個協(xié)方差譜里面92%的信號峰的真?zhèn)?。這樣的比率明顯優(yōu)于以往提出的 Snyder的方法(66%)以及利用微分譜的協(xié)方差方法(50%)。為了證明這種方法的有效性,我們準(zhǔn)備了一個42 kDa的全氘標(biāo),但是IVL甲基質(zhì)子標(biāo)記的麥芽糖結(jié)合蛋白(MBP)。通過這個樣品的HN(CO)CA以及HNCA譜圖,我們計算出了一個四維的協(xié)方差譜。在這個四維協(xié)方差譜里面,我們給每個峰都計算了一個特征性的LCC值。對于LCC值小于閾值0.975的峰,我們鑒定為假峰,這樣的假峰剛好對應(yīng)于傳統(tǒng)化學(xué)位移指認方法里一種化學(xué)位移退化的情況。通過這樣一種手段,對化學(xué)位移指認造成困擾的大部分的化學(xué)位移簡并都被剔除了。最后,我們成功的指認了這個MBP蛋白95%的主鏈原子化學(xué)位移,準(zhǔn)確率高達98%。這種LCC協(xié)方差的核磁共振信號指認手段,開辟了研究大分子量蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)以及動力學(xué)性質(zhì)的新思路。
本篇文章通訊作者是我院的阮科副教授以及吳季輝教授。文章作為Frontispiece被特別推薦。該研究得到了中國科學(xué)院戰(zhàn)略先導(dǎo)項目,國家973項目,國家基礎(chǔ)研究項目以及國家自然科學(xué)基金的支持。
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