王坤副研究員在植物小開放閱讀框編碼肽鑒定方面取得新進展
近日，朱玉賢院士團隊在《Plant Biotechnology Journal》（Impact factor: 6.840， 一區(qū)）發(fā)表了題為“PsORF：A database of small ORFs in plants“的論文，該研究在植物小開放閱讀框（small ORF，sORF）的數(shù)據(jù)庫建設上取得了重要進展，他們所建立的數(shù)據(jù)庫為35個植物物種提供了完整的sORF數(shù)據(jù)集信息。該研究工作的通訊作者是王坤副研究員，第一作者是2017級碩士生陳燕君同學。
當前，動植物分子生物學研究逐漸進入深度化與精細化階段，科學家們認識到基因組中存在大量的sORF（編碼小于或等于100個氨基酸的短肽）可能通過編碼功能短肽或調控mRNA翻譯而參與生物個體的正常生長發(fā)育等重要過程。隨著近年來植物研究中翻譯組（如Ribo-seq等）和蛋白質組（質譜）等測序數(shù)據(jù)的積累，為我們通過高通量的預測方法對全基因組范圍可能具有翻譯能力的sORF進行鑒定提供了契機。在該項研究中，研究團隊通過整合公共數(shù)據(jù)庫中的基因組和轉錄組RNA-seq，特別是翻譯組Ribo-seq和蛋白質組質譜數(shù)據(jù)對包括萊茵衣藻，擬南芥，棉花（亞洲棉），水稻和玉米在內的35個植物物種做了sORF的預測注釋。并根據(jù)上述結果，構建了一個可通過Web訪問的數(shù)據(jù)庫PsORF（http://psorf.whu.edu.cn/）。
PsORF數(shù)據(jù)庫通過多種可視化組件為用戶提供了方便的瀏覽，查詢和下載服務,并與UniProt和Pubmed等已知功能數(shù)據(jù)庫建立了有效關聯(lián)。通過該網(wǎng)站，用戶可以方便的查詢候選sORF的翻譯證據(jù)，如Ribo-seq的測序reads和MS指紋圖譜，以及可能的跨物種保守性分析，如多物種sORF的蛋白質序列比對和系統(tǒng)發(fā)生樹。這一工作為植物sORF的后續(xù)研究提供了便捷的查詢和分析平臺。
該工作得到了國家轉基因專項、國家自然科學基金、中央大學基礎研究基金和武漢大學創(chuàng)新團隊等項目的資助。在數(shù)據(jù)庫的構建過程中，武漢大學生科院周宇老師和杜巍老師也給予了技術和材料方面的大力支持。
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