黃勝林/何祥火團隊發(fā)現(xiàn)腫瘤特異轉(zhuǎn)錄本在肝癌中廣泛表達及其意義
惡性腫瘤是目前危害人類健康最嚴(yán)重的一類疾病。鑒定腫瘤特異分子對研究腫瘤發(fā)病機制以及腫瘤診斷和治療都具有極其重要的價值。目前對腫瘤特異分子的研究和發(fā)現(xiàn)主要集中于腫瘤基因組DNA突變，以及由于腫瘤基因組異位導(dǎo)致的融合基因。然而，很多腫瘤的DNA突變頻率不高，融合轉(zhuǎn)錄本只在少數(shù)腫瘤中被驗證。深度RNA測序已經(jīng)從一個嶄新的視角展現(xiàn)了人類轉(zhuǎn)錄組的多樣性和復(fù)雜性[1-2]。惡性腫瘤是一種具有高度異質(zhì)性的復(fù)雜疾病，表觀遺傳和轉(zhuǎn)錄加工的異常改變，使得它形成了更加復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組[3]。因此，腫瘤中可能存在著正常組織中不表達的特異轉(zhuǎn)錄本，目前對這些潛在腫瘤特異轉(zhuǎn)錄本(tumor-specific transcript, TST)的鑒定和功能機制還有待研究和探索。
近日，我院黃勝林/何祥火團隊在Hepatology上發(fā)表文章“Tumor-specific Transcripts are Frequently Expressed in Hepatocellular Carcinoma with Clinical Implication and Potential Function”，發(fā)現(xiàn)腫瘤特異轉(zhuǎn)錄本在肝癌中廣泛存在，并且具有重要的臨床意義和潛在功能。
該研究采用一種自主研發(fā)的識別RNA剪切位點的分析和定量方法 (Assembling Splice Junctions Analysis, ASJA; https://github.com/HuangLab-Fudan/ASJA）[4]，可高效獲得RNA測序數(shù)據(jù)中的全部剪切位點和表達信息，并進行大樣本處理和比較分析。通過該方法，整合分析了近千個正常組織和肝癌組織的RNA測序數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)肝癌中存在數(shù)百個特異轉(zhuǎn)錄本（TSTs），超過一半是未被注釋的新轉(zhuǎn)錄本和非編碼RNA。許多TSTs存在于基因間（基因組暗區(qū)），由攜帶長末端重復(fù)序列LTR元件的新轉(zhuǎn)錄起始位點產(chǎn)生。肝癌病人可分為TST-high和TST-low兩種分子亞型，TST-high亞型增殖和干性能力強，病人預(yù)后差。功能篩選揭示了一個新的非編碼TST（稱為TST1），可調(diào)控肝癌細(xì)胞的增殖和成瘤能力。TST1由受DNA甲基化和視黃酸相關(guān)藥物調(diào)節(jié)的LTR12C啟動子產(chǎn)生，視黃酸能夠顯著抑制TST1的表達并提示在TST1表達肝癌病人中的應(yīng)用。此外，在肝癌患者的血漿中外囊泡中也能檢測到TSTs的表達，提示潛在的診斷價值。
值得注意的是，該研究團隊在2018年Cell Reports也報道了一個癌基因LIN28B全新的轉(zhuǎn)錄本LIN28B-TST，在肝癌、肺癌等多種癌癥中特異表達，闡明了LIN28B-TST在癌癥中激活的表觀調(diào)控機制，并揭示LIN28B-TST作為癌癥治療靶點的潛在價值[5]。腫瘤特異轉(zhuǎn)錄本的發(fā)現(xiàn)為研究癌癥發(fā)病機制開拓了全新思路，為癌癥的診斷和治療提供新的靶點，具有重要的科學(xué)價值和臨床應(yīng)用前景。
該論文通訊作者是我院的黃勝林研究員和何祥火研究員，以及附屬腫瘤醫(yī)院王魯主任，研究助理鄭秋鵬博士和碩士研究生趙晶晶為該論文的第一作者。
【原文鏈接】
https://doi.org/10.1002/hep.30805
【參考文獻】
1. Djebali S., et al. Landscape of transcription in human cells. Nature 489, 101-108 (2012).
2. Mercer TR., et al. Targeted RNA sequencing reveals the deep complexity of the human transcriptome. Nature Biotechnology 30, 99-104 (2012).
3. Bradner JE., et al. Transcriptional Addiction in Cancer. Cell 168,629-643 (2017).
4. Weijie Guo, Zhixiang Hu, Yichao Bao, Yuchen Li, Shengli Li, Qiupeng Zheng, Dongbin Lyu, Di Chen, Tao Yu, Yan Li, Xiaodong Zhu, Jie Ding, Yingjun Zhao, Xianghuo He, Shenglin Huang. A LIN28B Tumor-Specific Transcript in Cancer. Cell Reports 22, 2016-2025 (2018).
5. Jingjing Zhao, Qin Li, Yuchen Li, Xianghuo He, Qiupeng Zheng, Shenglin Huang. ASJA: A Program for Assembling Splice Junctions Analysis. Computational and Structural Biotechnology Journal 17, 1143–1150 (2019).
版權(quán)與免責(zé)聲明：本網(wǎng)頁的內(nèi)容由收集互聯(lián)網(wǎng)上公開發(fā)布的信息整理獲得。目的在于傳遞信息及分享，并不意味著贊同其觀點或證實其真實性，也不構(gòu)成其他建議。僅提供交流平臺，不為其版權(quán)負(fù)責(zé)。如涉及侵權(quán)，請聯(lián)系我們及時修改或刪除。郵箱：sales@allpeptide.com