2018年12月9日至11日,澳大利亞沃爾特和伊麗莎·霍爾醫(yī)學(xué)研究所(The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research,WEHI)的三位生物信息學(xué)專家Alex Garnham博士、Peter Hickey博士和Hannah Coughlan博士專程從澳大利亞墨爾本來到南京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,為同學(xué)們帶來了一個精彩的生物信息學(xué)講習(xí)課程(WEHI-NJU Bioinformatics Workshop)。???
本次課程的主題為RNA-seq和單細胞RNA測序的數(shù)據(jù)處理與分析,是當(dāng)前生命科學(xué)領(lǐng)域的熱點和前沿技術(shù)。在課程的預(yù)備單元, 老師帶領(lǐng)大家進行了R軟件及一系列測序數(shù)據(jù)分析工具包的安裝、測試;第二單元講解RNA-seq數(shù)據(jù)處理與分析的基本原理與計算流程,以小鼠乳腺細胞RNA測序數(shù)據(jù)為例,講解了如何使用R語言編程進行數(shù)據(jù)處理和差異表達基因分析,研究細胞癌變的基因調(diào)控機制;單細胞全轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)是近年來發(fā)展起來的一項新技術(shù),可以同時測定數(shù)千個細胞中的基因表達譜,是研究腫瘤異質(zhì)性的重要手段,該技術(shù)對于結(jié)果分析需要強大的計算保障。課程對單細胞測序數(shù)據(jù)的處理和分析方法進行了全面解析,并以小鼠乳腺上皮細胞的單細胞測序數(shù)據(jù)為例講解了分析流程。 ???
本課程對于許多初次接觸R語言數(shù)據(jù)分析的同學(xué)有一定難度,但在老師和助教的細心幫助下,同學(xué)們很快解決了安裝應(yīng)用問題。課堂上老師詳盡的演示和一對一、手把手的輔導(dǎo)極大地提高了學(xué)習(xí)效率。在三天的課程中,所有三位老師和兩位助教全程參加講課和輔導(dǎo),保證了大班上課的質(zhì)量和效果。有同學(xué)將自己研究課題中遇到的數(shù)據(jù)分析問題帶到課堂,也得到了老師耐心的幫助和滿意的解決。???
雖然本次課程部分課時安排在嚴(yán)寒的周末,卻沒有阻擋同學(xué)們的學(xué)習(xí)熱情。本次課程有超過70位研究生和本科生踴躍參加,并有多位教師也參與學(xué)習(xí)和討論。盡管本次課程只有短短的三天時間,但同學(xué)們都收獲頗豐,期待下一次的課程活動。???
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