Nucleic Acids Research | 李磊課題組與合作者構(gòu)建植物miRNA數(shù)據(jù)庫
2019年10月11日，北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院李磊課題組與北京市農(nóng)林科學(xué)院楊效曾課題組合作在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）發(fā)表題為“PmiREN: a comprehensive encyclopedia of plant miRNAs”的研究論文?！犊萍既?qǐng)?bào)》隨后以“我國科學(xué)家構(gòu)建綜合植物miRNA數(shù)據(jù)庫”為題，報(bào)導(dǎo)了這一成果。PmiREN是一個(gè)涵蓋88個(gè)植物物種、包含多種miRNA相關(guān)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫，將有助于推動(dòng)植物miRNA功能與演化的研究，并促進(jìn)miRNA基因資源的深入挖掘。
miRNA是真核生物中一類重要的具有轉(zhuǎn)錄后調(diào)控功能的內(nèi)源小RNA，在植物的生長發(fā)育中扮演重要角色，影響器官發(fā)育、形態(tài)建成、開花、抗逆等重要生物學(xué)過程。得益于二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，關(guān)于植物miRNA鑒定和功能的研究數(shù)據(jù)與日俱增，但除了少數(shù)模式植物之外，miRNA的相關(guān)數(shù)據(jù)多有疏漏。作者搜集了88個(gè)代表性植物的基因組序列及對(duì)應(yīng)的1537個(gè)小RNA測(cè)序數(shù)據(jù)，利用作者最新發(fā)表的植物miRNA注釋軟件miRDP2，以統(tǒng)一流程和標(biāo)準(zhǔn)對(duì)這些物種進(jìn)行了miRNA的鑒定注釋工作，獲得5757個(gè)家族共20388個(gè)高質(zhì)量miRNA位點(diǎn)。此外，作者對(duì)各個(gè)miRNA對(duì)應(yīng)的基因簇、共線性、表達(dá)模式、靶基因、參考文獻(xiàn)等信息也進(jìn)行了統(tǒng)一挖掘整理，一并呈現(xiàn)在數(shù)據(jù)庫中。
PmiREN數(shù)據(jù)庫包含88個(gè)代表性植物中miRNA的系統(tǒng)注釋與比較信息
北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院李磊研究員和北京市農(nóng)林科學(xué)院楊效曾研究員為該論文共同通訊作者，北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院博士研究生郭仲龍、北京大學(xué)前沿交叉學(xué)科研究院博士研究生匡正、北京大學(xué)李磊課題組博士后王穎、北京市農(nóng)林科學(xué)院趙永欣博士為共同第一作者。該研究工作得到了國家自然科學(xué)基金、蛋白質(zhì)和植物基因工程國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、北京大學(xué)博雅博士后基金及北京市農(nóng)林科學(xué)院的經(jīng)費(fèi)支持。
論文鏈接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz894/5585553
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