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陳雷研究組揭示人源TRPC5通道被不同小分子所抑制的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)
TRPC5是受體激活的非選擇性陽離子通道,屬于瞬時受體電位通道(TRP)家族中的經(jīng)典型亞家族(TRPC)1。TRPC5通道的激活將引起細胞膜去極化和胞質(zhì)內(nèi)鈣濃度上升。TRPC5通道主要表達于腦組織,在肝臟、腎臟等器官中也有一定程度的分布2-4。TRPC5介導(dǎo)多種生理過程,與恐懼、焦慮、抑郁等情緒的產(chǎn)生以及進行性腎臟疾病有關(guān)5,6。近期研究表明TRPC5通道是治療焦慮、抑郁和腎病的潛在藥物靶點7-9。目前,由Hydra公司和Boehringer Ingelheim合作開發(fā)的一種TRPC4/5抑制劑正在臨床試驗中,用于治療焦慮和抑郁10;由Goldfinch Bio開發(fā)的TRPC5抑制劑GFB-887(NCT number: NCT03970122)正處于治療腎病的臨床I期試驗中。盡管TRPC5抑制劑的開發(fā)如火如荼,TRPC5抑制劑是如何結(jié)合TRPC5通道并發(fā)揮抑制作用的仍不清楚。
2021年3月8日,北京大學(xué)未來技術(shù)學(xué)院分子醫(yī)學(xué)研究所,北大-清華生命科學(xué)聯(lián)合中心陳雷研究組在eLife雜志上報導(dǎo)了人源TRPC5通道分別與兩種小分子抑制劑結(jié)合的高分辨結(jié)構(gòu)。
(文章鏈接:https://elifesciences.org/articles/63429 )
作者們純化了C端截短的人源TRPC5(hTRPC51-764),該截短體具有比全長TRPC5更高的四聚體表達量,并且像全長TRPC5一樣,仍然能被激活劑(-)-englerinA(簡稱EA)和高濃度胞外鈣激活,也能被抑制劑clemizole(簡稱CMZ)和HC-070抑制。CMZ是苯并咪唑衍生物,HC-070是甲基黃嘌呤衍生物,對TRPC4、TRPC5具有很高的抑制效力。這兩類抑制劑具有截然不同的大小、形狀和化學(xué)特性,因而可能結(jié)合在TRPC5上的不同位置。作者們向純化后的hTRPC51-764蛋白樣品中分別添加CMZ和HC-070,制備了冷凍電鏡樣品,通過單顆粒冷凍電鏡技術(shù)獲得了2.7 ?高分辨率的hTRPC51-764與CMZ結(jié)合的電子密度和hTRPC51-764與HC-070結(jié)合的電子密度并搭建了原子模型。
結(jié)構(gòu)顯示抑制劑結(jié)合的TRPC5具有四重對稱性(圖1),整個通道由跨膜區(qū)和胞質(zhì)區(qū)組成,并且通道處于關(guān)閉狀態(tài)。
圖1 抑制劑結(jié)合狀態(tài)的人源TRPC5整體結(jié)構(gòu)
CMZ結(jié)合在跨膜區(qū)的由跨膜螺旋S1-S4組成的電壓傳感器樣結(jié)構(gòu)域(VSLD)(圖2)。與CMZ距離近的氨基酸中,F(xiàn)414與CMZ的氯苯環(huán)形成π-π堆積作用;Y374,M442,Y446和P659與CMZ形成疏水相互作用(圖2)。功能實驗結(jié)果顯示,將N443突變成TRPC3/6上對應(yīng)的氨基酸亮氨酸后,CMZ的抑制效力明顯減弱(圖2),說明N443對于CMZ發(fā)揮抑制作用很重要,也解釋了CMZ對于TRPC不同亞型的選擇作用。
圖2 CMZ在TRPC5上的結(jié)合位點
HC-070結(jié)合在跨膜區(qū)的孔道結(jié)構(gòu)域,結(jié)合位點由一個亞基的跨膜螺旋S5、孔道螺旋和相鄰亞基的跨膜螺旋S6組成 (圖3)。HC-070與TRPC5上的眾多氨基酸有相互作用:F576的側(cè)鏈與HC-070的甲基黃嘌呤形成π-π堆積作用;R557,Q573,W577與HC-070的羥丙基形成極性相互作用;F599, A602和T603同時也參與穩(wěn)定羥丙基;F569和L572與HC-070的氯苯環(huán)形成疏水相互作用(圖3)。功能實驗結(jié)果顯示,HC-070對以下這些突變體:R557A, F569A, L572A, Q573A, F599A,F599N,T603A的抑制效力減弱,其中,對Q573A的抑制效力減弱得最明顯(圖3),說明Q573A與HC-070羥丙基形成的氫鍵對于HC-070結(jié)合并抑制TRPC5具有至關(guān)重要的作用。
圖3 HC-070在TRPC5上的結(jié)合位點
在電子密度圖中,作者還觀察到了結(jié)合的離子和脂類。其中一個可能的離子結(jié)合位點位于跨膜區(qū)的VSLD,由E418,E421,N436和D439組成(圖4)。在鼠源TRPC4和鼠源TRPC5中也曾觀察到相似密度11,12;在TRPM2,TRPM4和TRPM8中觀察到的相似密度被鑒定為鈣離子13-15。作者們發(fā)現(xiàn)E418Q-E421Q-D439N三突變體失去了對胞外鈣的響應(yīng),說明該位點對于鈣激活有著至關(guān)重要的作用。觀察到的另一個可能的離子結(jié)合位點位于胞質(zhì)區(qū),由H172,C176,C178,C181組成,類似于細菌中葡糖激酶的HC3型鋅結(jié)合位點16。C176A-C178A-C181A三突變體對EA和鈣的響應(yīng)不變,說明該位點可能參與離子通道門控以外的其他調(diào)控作用。
在跨膜區(qū)有數(shù)個脂類/去垢劑結(jié)合位點 (圖4)。在結(jié)合CMZ的TRPC5電子密度圖中,在跨膜螺旋S5和S6之間觀察到了類似DAG的密度。HPLC-MS實驗也證明蛋白樣品中含有DAG。在結(jié)合HC-070的TRPC5電子密度圖中,DAG頭部的密度被HC-070替代了,而兩條脂肪鏈尾巴的密度卻還保留著。
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圖4 離子和脂類在TRPC5上的結(jié)合位點
綜上所述,本項研究解析了人源TRPC5與兩類不同的抑制劑結(jié)合的高分辨結(jié)構(gòu),揭示了這兩類抑制劑在TRPC5上的結(jié)合位點,并發(fā)現(xiàn)抑制劑通過將TRPC5穩(wěn)定在無配體結(jié)合的關(guān)閉狀態(tài)從而發(fā)揮其抑制功能。此項研究為深入理解TRPC5的門控機制和基于結(jié)構(gòu)的藥物優(yōu)化奠定了基礎(chǔ)。
本項研究的第一作者為北京大學(xué)未來技術(shù)學(xué)院分子醫(yī)學(xué)所博士研究生宋康成和韋淼;北京大學(xué)分子醫(yī)學(xué)研究所代謝研究檢測平臺主管權(quán)力博士完成了DAG的鑒定實驗;博士生郭文君、康云路和博士后吳驚香參與了部分實驗;陳雷研究員為通訊作者。本工作獲得科技部重點研發(fā)計劃、國家自然科學(xué)基金委、生命科學(xué)聯(lián)合中心等經(jīng)費支持。該工作的冷凍電鏡樣品制備、篩選和采集在北京大學(xué)電鏡室和冷凍電鏡平臺上完成,得到了李雪梅、郭振璽、邵博、裴霞和王國鵬等人的幫助。
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