邱英雄課題組近期在進(jìn)化領(lǐng)域的Top ten雜志Molecular Phylogenetics and Evolution (IF = 4.412) 上發(fā)表兩篇論文。
以東亞島嶼特有植物類(lèi)群舟山新木姜子（Neolitsea sericea）為研究對(duì)象，基于葉綠體、ITS和限制性內(nèi)切位點(diǎn)相關(guān)的DNA標(biāo)記（RAD tags），整合系統(tǒng)發(fā)育學(xué)、親緣地理學(xué)和景觀基因組學(xué)等學(xué)科，利用生態(tài)位模型（ENM）、近似貝葉斯計(jì)算（ABC）、廣義差分模型（GDM）、廣義線性混合模型（GLMM）和隨機(jī)多重矩陣回歸模型等研究方法，表明早期遷移和更新世中期至晚期的一系列地理隔離事件是促使舟山新木姜子群體遺傳分化以及其現(xiàn)代地理分布格局形成的關(guān)鍵因素。對(duì)異質(zhì)性生境（尤其是年均溫和季節(jié)性降水等因素）的局域適應(yīng)也是驅(qū)使舟山新木姜子譜系多樣化的重要因素。本研究是利用基因組數(shù)據(jù)對(duì)東亞路橋島嶼系統(tǒng)進(jìn)行植物譜系分化機(jī)制探討的第一篇報(bào)道，為理解中國(guó)-日本間斷分布植物區(qū)系的起源以及東亞物種多樣性的形成提供了重要的理論基礎(chǔ)和科學(xué)指導(dǎo)。曹亞男博士為該論文的第一作者，邱英雄教授為論文的通訊作者。該研究結(jié)果以“Inferring spatial patterns and drivers of population divergence of Neolitsea sericea (Lauraceae), based on molecular phylogeography and landscape genomics.”為題發(fā)表于自然科學(xué)類(lèi)期刊Molecular Phylogenetics and Evolution (IF = 4.412) 上。
課題組以東亞-北美間斷分布的抗癌藥用鬼臼亞科（Podophylloideae）植物為研究對(duì)象，首次成功拼接得到鬼臼亞科14個(gè)（12個(gè)物種，其中八角蓮和六角蓮各有兩個(gè)譜系）及其外類(lèi)群物種Achlys triphylla共15個(gè)葉綠體基因組序列。系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)的研究結(jié)果表明：鬼臼亞科、八角蓮屬和山荷葉屬是很好的單系，桃兒七屬（Sinopodophyllum）為鬼臼亞科的最基部類(lèi)群，研究結(jié)果挑戰(zhàn)了東亞桃兒七屬與北美足葉草屬（Podophyllum）為姐妹類(lèi)群的傳統(tǒng)分類(lèi)與進(jìn)化觀念。同時(shí)，本研究還揭示了matK基因在鬼臼亞科特定譜系中受到了正向選擇，可能與近期分化類(lèi)群對(duì)低海拔生境的適應(yīng)有關(guān)。葉文清博士為該論文的第一作者，邱英雄教授為論文的通訊作者。該研究結(jié)果以“Plastome organization, genome-based phylogeny and evolution of plastid genes in Podophylloideae (Berberidaceae)”為題發(fā)表于自然科學(xué)類(lèi)期刊Molecular Phylogenetics and Evolution (IF = 4.412) 上。
上述兩篇研究成果為理解東亞物種多樣性的形成機(jī)制提供很好的案例和研究思路。
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Ya-Nan Cao, Ian J. Wang, Lu-Yao Chen, Yan-Qian Ding, Lu-Xian Liu, Ying-Xiong Qiu*. 2018. Inferring spatial patterns and drivers of population divergence of Neolitsea sericea (Lauraceae), based on molecular phylogeography and landscape genomics. Molecular Phylogenetics and Evolution (IF = 4.412). DOI: https://doi.org/10.1016/j.ympev.2018.04.010.?
Wen-Qing Ye, Zhao-Yan Yap, Pan Li*, Hans Peter Comes, Ying-Xiong Qiu*. 2018. Plastome organization, genome-based phylogeny and evolution of plastid genes in Podophylloideae (Berberidaceae). Molecular Phylogenetics and Evolution (IF = 4.412). DOI: https://doi.org/10.1016/j.ympev.2018.07.001
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