Molecular Ecology Resources—孟和教授團(tuán)隊(duì) 成功構(gòu)建和解析高質(zhì)量雉雞基因組序列圖譜
近日，上海交通大學(xué)農(nóng)業(yè)與生物學(xué)院孟和教授團(tuán)隊(duì)采用多平臺(tái)策略成功地構(gòu)建了染色體層級(jí)的雉雞基因組序列圖譜，成果以論文題目為“Chromosome level assembly reveals a unique immune gene organization and signatures of evolution in the common pheasant”在線發(fā)表在國際生物學(xué)領(lǐng)域頂級(jí)期刊《Molecular Ecology Resources》。同時(shí)，雉雞基因組數(shù)據(jù)也在美國國家生物信息中心（NCBI）上（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_015227605.1/）公開釋放。
雉雞（Phasianus colchicus）也稱環(huán)頸雉，俗名野雞或山雞。雉雞是世界上分布最為廣泛的狩獵用鳥，也是中國農(nóng)業(yè)農(nóng)村部《國家畜禽遺傳資源目錄》中養(yǎng)殖量最高的特種珍禽。雉雞屬于性二態(tài)鳥類，常作為性選擇研究的重要模型。
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研究團(tuán)隊(duì)采用第二代高通量測(cè)序、第三代單分子測(cè)序和Hi-C輔助基因組組裝技術(shù)，對(duì)家養(yǎng)雉雞進(jìn)行了de novo測(cè)序、組裝和注釋，獲得了染色體層級(jí)高質(zhì)量雉雞參考基因組。所得雉雞基因組大小為0.99 Gb，Contig N50達(dá)1.33 Mb，Scaffold N50達(dá)59.46 Mb，擁有23,058個(gè)蛋白編碼基因。
比較基因組學(xué)分析首先明確了雉雞與其他多種鳥類的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，其次發(fā)現(xiàn)了一些鈣離子相關(guān)基因可能參與了雉雞的適應(yīng)性進(jìn)化與物種特性的形成，并且通過全基因組重測(cè)序分析在基因組中找到了與家養(yǎng)雉雞體重相關(guān)的人工選擇區(qū)域。非常有意思的是，研究發(fā)現(xiàn)了雉雞的免疫重要基因-主要組織相容性復(fù)合體（MHC）基因序列存在獨(dú)特的排列模式，既相較于家雞祖先紅原雞存在3個(gè)大片段的染色體倒位，暗示著雉雞免疫系統(tǒng)在進(jìn)化過程中曾經(jīng)經(jīng)歷過特殊的事件。
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（a）雉雞與其他物種共有和特有基因家族；（b）系統(tǒng)發(fā)生樹
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孟和教授團(tuán)隊(duì)長期從事動(dòng)物基因組學(xué)和分子育種研究和實(shí)踐工作，本研究是該團(tuán)隊(duì)繼完成世界首例雙峰駝基因組（2012年）、蒙古馬和普氏野馬基因組（2014年）、家驢和蒙古野驢基因組（2015年）、家鵝和鴻雁基因組（2016年）后又一例農(nóng)業(yè)動(dòng)物的基因組序列圖譜構(gòu)建和分析工作。
上海交通大學(xué)博士研究生何川為該論文的第一作者，孟和教授為通訊作者。
該研究得到上海市農(nóng)業(yè)委員會(huì)科技興農(nóng)重點(diǎn)攻關(guān)項(xiàng)目（2017-02-08-00-12-F00069）支持。
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論文鏈接：http://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.13296
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農(nóng)業(yè)與生物學(xué)院學(xué)科與科技辦公室供稿
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