鄧子新團隊在微生物信息學研究方面取得系統(tǒng)性進展
?????? 近日，國際知名微生物學刊物《環(huán)境微生物》(Environmental Microbiology) 在線發(fā)表了上海交通大學微生物代謝國家重點實驗室鄧子新團隊的最新研究論文 SecReT6: a web-based resource for type VI secretion systems found in bacteria (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1462-2920.12794/abstract)。這是繼該團隊在2013年發(fā)表細菌IV型分泌系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫后 (Bi, et al. Nucleic Acids Research, 2013, 41, D660-D665)，在微生物信息學研究領域取得的又一新系統(tǒng)性進展。該研究論文的第一作者為我院2011級博士生李駿，指導教師為該團隊的歐竑宇教授。
?
?
?????? 六型分泌系統(tǒng) (type VI secretion system, T6SS)是一種在革蘭氏陰性細菌中廣泛存在的多功能、多組分的跨膜通道結構。T6SS能夠介導效應蛋白的精確轉(zhuǎn)運，在病原菌致病和細菌間拮抗等重要生物過程中扮演著關鍵角色。本研究成果通過文獻深度挖掘和生物信息學精確預測，在近五百個已測序細菌基因組中識別出九百多個T6SS，建立了開放的分子生物學數(shù)據(jù)庫SecReT6 (http://db-mml.sjtu.edu.cn/SecReT6/)。SecReT6還提供了T6SS核心組件基因簇的預測和比較等在線工具，有助于微生物學實驗人員發(fā)現(xiàn)新的T6SS效應蛋白及免疫蛋白。本研究是微生物代謝國家重點實驗室在分子微生物學和生物信息學等多學科交叉所取得的系統(tǒng)性研究進展之一，有助于實現(xiàn)微生物功能組學大數(shù)據(jù)的深度挖掘。
版權與免責聲明：本網(wǎng)頁的內(nèi)容由收集互聯(lián)網(wǎng)上公開發(fā)布的信息整理獲得。目的在于傳遞信息及分享，并不意味著贊同其觀點或證實其真實性，也不構成其他建議。僅提供交流平臺，不為其版權負責。如涉及侵權，請聯(lián)系我們及時修改或刪除。郵箱：sales@allpeptide.com