鄧子新團隊揭示多重耐藥肺炎克雷伯菌可移動基因組
?????? 近日，英國抗菌化療協會 (British Society for Antimicrobial Chemotherapy)出版的刊物《Journal of Antimicrobial Chemotherapy》在線發(fā)表了上海交通大學微生物代謝國家重點實驗室鄧子新團隊關于肺炎克雷伯菌HS11286的基因組分析論文“Mapping the resistance-associated mobilome of a carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strain reveals insights into factors shaping these regions and facilitates generation of a ‘resistance-disarmed’ model organism” 。該論文的第一作者為博士生畢德璽，指導教師為歐竑宇教授。
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?????? 抗生素濫用引發(fā)的細菌耐藥問題已成為全球關注熱點之一，應對以耐碳青霉烯類抗生素為代表的多重耐藥菌已刻不容緩；而肺炎克雷伯菌 (Klebsiella pneumonia) 則是院內感染最重要的多重耐藥條件致病菌之一。該研究深入分析了碳青霉烯類抗生素抗性的、屬于中國流行克隆群 (ST11型) 的肺炎克雷伯菌HS11286基因組，發(fā)現了6個質粒、2個整合性接合元件和7個前噬菌體等復雜的可移動遺傳元件，闡明了轉座子Tn3、Tn1721和Tn5393和插入序列IS26等元件對blaKPC-2等二十多個重要耐藥基因的水平轉移有重要貢獻。此外，輔于分子遺傳學實驗，確定了HS11286的耐藥基因缺失突變株對臨床常用抗菌藥物的敏感性大幅提高，由此也成功構建了可用于實驗室安全遺傳操作的肺炎克雷伯菌模式菌株。
?????? 這是該團隊在病原細菌基因組研究中取得的最新進展之一。此外，今年他們還合作報道了轉座子Tn1721同時編碼碳青霉烯酶和磷霉素抗性 (Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2015, 59:338-343)，比較分析了高致病鮑曼不動桿菌的全基因組序列 (Scientific Reports, 2015, 5:8643)。這些進展得益于該團隊圍繞細菌可移動基因組研發(fā)的微生物信息學平臺。近十年來，該平臺向國內外微生物學同行提供了細菌基因組快速比對和可移動遺傳元件識別等一系列特色的在線工具和開放數據庫。其中，與細菌耐藥性播散相關的整合性接合元件數據庫ICEberg和IV型分泌系統數據庫SecReT4、與細菌致病性相關的VI型分泌系統數據庫SecReT6等三個分子生物學數據庫被美國橡樹嶺國家實驗室的Dr. Igor B. Zhulin向微生物學研究者推薦使用 (J Bacteriol, 2015, 197:2458-67)。這些研究是微生物代謝國家重點實驗室在分子微生物學和生物信息學等多學科交叉所取得的一系列進展，將有助于實現重要微生物代謝潛力的深度挖掘。
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