2019年10月4日,北京大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)生物信息學(xué)系李婷婷研究組、清華大學(xué)陳陽研究組、歐洲生物信息研究所Henning Hermjakob研究組在Nucleic Acids Research雜志上在線發(fā)表文章“PhaSepDB: a database of liquid–liquid phase separation related proteins”,發(fā)布了目前首個(gè)包含體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的液-液相分離相關(guān)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PhaSepDB(圖1),為進(jìn)一步研究體內(nèi)外蛋白質(zhì)液-液相分離形成機(jī)制、蛋白特征以及在病理過程中潛在作用提供數(shù)據(jù)支持。
圖1:PhaSepDB數(shù)據(jù)收集流程及數(shù)據(jù)庫架構(gòu)
蛋白質(zhì)液-液相分離(Liquid-liquid phase separation, LLPS),是細(xì)胞內(nèi)眾多無膜細(xì)胞器(membraneless organelles)和生物分子凝聚體(biomolecular condensates)動態(tài)組裝的主要驅(qū)動力。鑒定相分離蛋白需要多種實(shí)驗(yàn),其中,體外重構(gòu)相分離實(shí)驗(yàn)通過嚴(yán)格控制各種條件,可以更方便地研究相分離現(xiàn)象;而細(xì)胞內(nèi),尤其是生理?xiàng)l件下相分離現(xiàn)象的鑒別檢測,對于研究相分離蛋白的生物學(xué)功能不可或缺。近年來,圍繞相分離的研究不斷涌現(xiàn),發(fā)現(xiàn)了各種新的相分離相關(guān)蛋白,涉及到許多重要的生物學(xué)過程。但是,領(lǐng)域內(nèi)卻缺乏系統(tǒng)性整合體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的相分離相關(guān)蛋白數(shù)據(jù)庫。
PhaSepDB對近年來發(fā)表文獻(xiàn)、Uniprot數(shù)據(jù)庫內(nèi)已有相分離相關(guān)蛋白信息進(jìn)行人工記錄及整合,目前已收錄2914個(gè)相關(guān)蛋白的4018條信息,涵蓋三十多種無膜細(xì)胞器,提供相分離相關(guān)蛋白介紹、蛋白物質(zhì)狀態(tài)、相關(guān)突變或疾病、對應(yīng)文獻(xiàn)內(nèi)容、相分離相關(guān)序列特征分析以及免疫熒光圖像;同時(shí),相應(yīng)網(wǎng)站(http://db.phasep.pro/)提供基于無膜細(xì)胞器的圖形化導(dǎo)航(圖2),并支持搜索以及下載相分離相關(guān)蛋白。數(shù)據(jù)庫將會持續(xù)更新,歡迎大家使用并提供寶貴意見。
圖2:數(shù)據(jù)庫圖形化導(dǎo)航
北京大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院八年制博士生游鎧強(qiáng)、第二臨床醫(yī)學(xué)院八年制本科生黃齊、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院八年制博士生余春雨為論文共同第一作者,李婷婷副教授、陳陽助理研究員、Henning Hermjakob研究員為共同通訊作者。
原文鏈接:https://doi.org/10.1093/nar/gkz847
版權(quán)與免責(zé)聲明:本網(wǎng)頁的內(nèi)容由收集互聯(lián)網(wǎng)上公開發(fā)布的信息整理獲得。目的在于傳遞信息及分享,并不意味著贊同其觀點(diǎn)或證實(shí)其真實(shí)性,也不構(gòu)成其他建議。僅提供交流平臺,不為其版權(quán)負(fù)責(zé)。如涉及侵權(quán),請聯(lián)系我們及時(shí)修改或刪除。郵箱:sales@allpeptide.com