華南理工大學(xué)-深圳華大生命科學(xué)研究院“基因組科學(xué)”創(chuàng)新班學(xué)子在《Nature》發(fā)文 參與繪制全球首個(gè)非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物全細(xì)胞“地圖”
近日，華南理工大學(xué)生物科學(xué)與工程學(xué)院博士生莊鎮(zhèn)堃與碩士生黃甫保錢在國(guó)際頂級(jí)生物學(xué)期刊《Nature》在線發(fā)表題為“Cell transcriptomic atlas of the non-human primate Macaca fascicularis”的研究論文，發(fā)布首個(gè)非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物（食蟹獼猴）全身器官百萬(wàn)單細(xì)胞圖譜，該圖譜將被用于物種進(jìn)化、腦科學(xué)以及藥物評(píng)價(jià)和篩選相關(guān)的研究，為生物醫(yī)學(xué)的發(fā)展提供一個(gè)基礎(chǔ)性的資源和工具，為疾病診療、靶向藥物開(kāi)發(fā)提供助力，為人類更好地探究生命的進(jìn)化提供可能，該研究已通過(guò)倫理審查，嚴(yán)格遵循相應(yīng)法規(guī)和倫理準(zhǔn)則。
?
Nature官網(wǎng)截圖
?
博士研究生莊鎮(zhèn)堃（左）和碩士研究生黃甫保錢在Nature期刊在線發(fā)表重要研究成果
據(jù)悉，該研究由深圳華大生命科學(xué)研究院聯(lián)合北京華大生命科學(xué)研究院、深圳國(guó)家基因庫(kù)、吉林大學(xué)、中國(guó)科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院、華南理工大學(xué)、瑞典卡羅林斯卡醫(yī)學(xué)院、英國(guó)劍橋大學(xué)、西班牙ICREA研究所、新加坡ASTAR等來(lái)自6個(gè)國(guó)家的35個(gè)科研團(tuán)隊(duì)共同參與完成。該論文的共同第一作者莊鎮(zhèn)堃和署名作者黃甫保錢均為華南理工大學(xué)-深圳華大生命科學(xué)研究院“基因組科學(xué)”創(chuàng)新班學(xué)生，論文的共同通訊作者之一、深圳華大生命科學(xué)研究院劉龍奇研究員為我校2010屆生物技術(shù)專業(yè)畢業(yè)生。?
?
包含食蟹獼猴45個(gè)組織或器官114萬(wàn)個(gè)細(xì)胞的“地圖”，“地圖”上113種顏色代表著113種細(xì)胞類型
?
21世紀(jì)初，人類基因組草圖的問(wèn)世為生命科學(xué)的研究譜寫(xiě)了一本生命“天書(shū)”，為生命的數(shù)字化提供了基礎(chǔ)。然而，遺傳信息是由細(xì)胞攜帶的，但是目前，人類對(duì)自身細(xì)胞的認(rèn)識(shí)還很有限，全面解碼細(xì)胞的數(shù)字化特征將推動(dòng)生命科學(xué)的研究，為生物醫(yī)學(xué)的發(fā)展提供基礎(chǔ)性的資源和工具。為此，研究人員將目光投向了非人靈長(zhǎng)類中和人的基因相似度高達(dá)93%的獼猴，繪制了一張獼猴的全身器官的細(xì)胞“地圖”。這是世界上首個(gè)非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物全身器官細(xì)胞圖譜。研究人員還據(jù)此搭建了非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物百萬(wàn)單細(xì)胞交互式資源網(wǎng)站。
非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物百萬(wàn)單細(xì)胞交互式資源網(wǎng)站主頁(yè)(https://db.cngb.org/nhpca/)
?
利用非人靈長(zhǎng)類細(xì)胞圖譜，研究者找到了各個(gè)組織的共有細(xì)胞類型及其“特有標(biāo)簽”（特異性標(biāo)記基因），這對(duì)于了解這些共有細(xì)胞在不同組織里發(fā)揮不同功能提供了分子層面的證據(jù)。同時(shí)，基于該“地圖”，研究人員還發(fā)現(xiàn)了多種存在于各個(gè)組織中的具有分化潛能的細(xì)胞，這類細(xì)胞或可為之后各類器官損傷修復(fù)提供細(xì)胞來(lái)源，為哺乳動(dòng)物組織再生研究提供新的思路。基于該圖譜，研究人員還構(gòu)建了包含新冠、乙肝、狂犬病毒等126種病毒易感細(xì)胞類型的病毒數(shù)據(jù)庫(kù)，這就像一本“病毒字典”，可以通過(guò)它快速查詢病毒最有可能侵染的細(xì)胞類型，同時(shí)看到該細(xì)胞類型可能分布的器官，為醫(yī)生在檢查新冠肺炎確診患者肺部情況的同時(shí)，提供其他器官例如腎臟、膽囊等針對(duì)性檢查的指導(dǎo)意見(jiàn)。
病毒易感細(xì)胞類型“字典”
?
“本研究填補(bǔ)了非人靈長(zhǎng)類全身器官細(xì)胞圖譜的空缺，其數(shù)據(jù)資源會(huì)作為一個(gè)非常重要的細(xì)胞參考圖譜用于物種進(jìn)化、腦科學(xué)、以及藥物評(píng)價(jià)和篩選以及臨床研究。”論文的共同第一作者莊鎮(zhèn)堃博士介紹說(shuō)，“我們搭建了一個(gè)用戶友好的交互式網(wǎng)站，全世界的研究者都可以輕松訪問(wèn)與下載，利用我們的數(shù)據(jù)進(jìn)行更多的研究?！?/span>
韓磊、魏小雨、劉傳宇、莊鎮(zhèn)堃、鄒軒軒、王智鋒和Giacomo Volpe為該論文的共同第一作者，劉龍奇、徐訊、侯勇和Miguel A. Esteban為論文的共同通訊作者。（圖文/莊鎮(zhèn)堃 生物科學(xué)與工程學(xué)院）
?
附：華南理工大學(xué)-深圳華大生命科學(xué)研究院“基因組科學(xué)”創(chuàng)新班簡(jiǎn)介
華南理工大學(xué)-深圳華大生命科學(xué)研究院“基因組科學(xué)”創(chuàng)新班于2009年3月招收首屆學(xué)生，由華南理工大學(xué)與深圳華大生命科學(xué)研究院合作共同開(kāi)展本科生、研究生的聯(lián)合培養(yǎng)，主要面向華南理工大學(xué)所有理工類專業(yè)2年級(jí)本科生進(jìn)行學(xué)生的選拔與招收。作為基因組學(xué)與生物信息學(xué)交叉學(xué)科人才培養(yǎng)的全新嘗試，創(chuàng)新班學(xué)生在雙方老師的悉心指導(dǎo)和華大平臺(tái)的強(qiáng)力支撐下實(shí)現(xiàn)了多項(xiàng)“0”的突破，形成了席卷全國(guó)的創(chuàng)新人才培養(yǎng)“華工模式”?！ ?span lang="EN-US">??
自創(chuàng)新班成立以來(lái)，已有14屆共135名華工學(xué)子加入創(chuàng)新班，先后共有138人次以第一作者、并列第一作者或署名作者身份在國(guó)際學(xué)術(shù)期刊上發(fā)表研究成果114篇，其中58人次以第一作者、共同第一作者或署名作者身份在Nature、Science、Cell等國(guó)際頂尖學(xué)術(shù)期刊及其子刊上發(fā)表高水平論文共43篇。
?
莊鎮(zhèn)堃，男，華南理工大學(xué)生物科學(xué)與工程學(xué)院2018級(jí)生物學(xué)專業(yè)博士研究生，導(dǎo)師王菊芳教授。在校期間共發(fā)表SCI文章9篇，其中作為共同第一作者發(fā)表4篇。代表作如下：
Han, L.*, Wei, X.*, Liu, C.*, G Volpe*, Zhuang Z.*, et al. Cell transcriptomic atlas of the non-human primate Macaca fascicularis. Nature (2022).
Zhu, L.*, Yan P.*, Zhao, Y.*, Zhuang, Z.*, Wang, Z.*, Song, R.*, ... & Liu, W. J. (2020). Single-cell sequencing of peripheral mononuclear cells reveals distinct immune response landscapes of COVID-19 and influenza patients.?Immunity,?53(3), 685-696.
?
Wang, W.*, Zhong, Y.*,?Zhuang, Z.*, Xie, J.*, Lu, Y.*, Huang, C.*, ... & Yao, X. (2021). Multiregion single‐cell sequencing reveals the transcriptional landscape of the immune microenvironment of colorectal cancer. Clinical and translational medicine, 11(1), e253.
Wang, F.*, Xu, Q.*,?Zhuang, Z.*, Li, Z.*, Gao, Q.*, Huang, Y.*, ... & Chao, C. C. (2021). A single-cell approach to engineer CD8+ T cells targeting cytomegalovirus. Cellular & molecular immunology, 18(5), 1326-1328.
附：黃甫保錢簡(jiǎn)介
黃甫保錢，男，華南理工大學(xué)生物科學(xué)與工程學(xué)院2020級(jí)生物學(xué)專業(yè)碩士研究生，導(dǎo)師杜紅麗教授。在校期間共署名發(fā)表sci論文3篇：
Han, L.*, Wei, X.*, Liu, C.*, G Volpe*, Zhuang Z.*, et al. Cell transcriptomic atlas of the non-human primate Macaca fascicularis. Nature (2022).
Li, Z., Wang, X., Xu, D., Zhang, D., Wang, D., Dai, X., ... & Jiang, Y. (2020). DNB-based on-chip motif finding: A high-throughput method to profile different types of protein-DNA interactions.?Science advances,?6(31), eabb3350.
Ren, H., Xi, Y., Li, Z., Zhang, D., Huang, F., Fang, X., ... & Jiang, Y. (2020). Novel target capture DNA library preparation method using CircLigase-mediated hook ligation.?New Biotechnology,?59, 44-50.
?
?
版權(quán)與免責(zé)聲明：本網(wǎng)頁(yè)的內(nèi)容由收集互聯(lián)網(wǎng)上公開(kāi)發(fā)布的信息整理獲得。目的在于傳遞信息及分享，并不意味著贊同其觀點(diǎn)或證實(shí)其真實(shí)性，也不構(gòu)成其他建議。僅提供交流平臺(tái)，不為其版權(quán)負(fù)責(zé)。如涉及侵權(quán)，請(qǐng)聯(lián)系我們及時(shí)修改或刪除。郵箱：sales@allpeptide.com