吳旻課題組關(guān)于結(jié)直腸癌的致癌轉(zhuǎn)錄因子研究取得新進(jìn)展
2021年11月4日，國際權(quán)威期刊Nature Communication（影響因子14.9）在線發(fā)表了武漢大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院最新研究成果，題目為“Genome-wide profiling in colorectal cancer identifies PHF19 and TBC1D16 as oncogenic super enhancers”（結(jié)直腸癌的全基因組圖譜分析鑒定了致癌的超級增強(qiáng)子PHF19和TBC1D16），武漢大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院博士生李青藍(lán)、林翔、陳林，武漢大學(xué)第二臨床醫(yī)學(xué)院2018級碩士研究生余亞莉為該論文共同第一作者；武漢大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院吳旻教授，武漢大學(xué)中南醫(yī)院消化內(nèi)科葉梅教授為共同通訊作者。該研究受到了國家科技部，國家自然科學(xué)基金委，湖北省科技廳的資助。
結(jié)直腸癌是世界上發(fā)病率和死亡率最高的惡性腫瘤之一。目前關(guān)于結(jié)直腸癌的多組學(xué)研究廣泛集中在基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)，而結(jié)直腸癌患者組織中的表觀遺傳組學(xué)狀態(tài)仍缺少關(guān)鍵數(shù)據(jù)。表觀遺傳組學(xué)的研究成果揭示了基因組上增強(qiáng)子的新特征，為基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控和相關(guān)疾病的研究提供了新思路?；蚪M上的增強(qiáng)子序列多位于非編碼區(qū)，是調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄的重要元件。最近的一些研究表明，增強(qiáng)子活性增強(qiáng)是多種癌癥的共同特征之一，可能作為癌癥診斷和治療的新靶點。因此揭示結(jié)直腸癌臨床樣本的表觀遺傳組特征對結(jié)直腸癌的研究具有重要意義。
在這項工作中，為了建立一個全面的結(jié)直腸癌組織的活性增強(qiáng)子圖譜，研究者建立了由73對結(jié)直腸癌配對患者組織（來自同一患者的腫瘤和鄰近組織）的研究隊列，最終獲得了147個H3K27ac ChIP-Seq、144個RNA-Seq、147個全基因組測序和86個H3K4me3 ?ChIP-Seq樣本。通過對H3K27ac ChIP-Seq的分析，在結(jié)直腸癌病人組織中鑒定出了5590個獲得的差異增強(qiáng)子位點(gain VELs)和1100個缺失的差異增強(qiáng)子位點(lost VELs)，334個獲得的差異超級增強(qiáng)子位點(gain VSELs)和121個缺失的差異超級增強(qiáng)子位點(lost VSELs)。
研究者通過實驗驗證了10個gain VSELs在結(jié)直腸癌細(xì)胞系中的功能，利用CRISPRi技術(shù)抑制VSELs的活性能顯著抑制臨近靶基因的表達(dá)以及結(jié)直腸癌細(xì)胞的遷移能力，其中抑制超級增強(qiáng)子PHF19和TBC1D16有效的抑制了結(jié)直腸癌細(xì)胞的裸鼠成瘤能力。
研究者還通過基序分析和核心調(diào)控回路分析，預(yù)測了結(jié)直腸癌中的多個關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子，并通過實驗研究了這些轉(zhuǎn)錄因子的功能，發(fā)現(xiàn)抑制轉(zhuǎn)錄因子KLF3的表達(dá)，有效抑制了結(jié)直腸癌細(xì)胞的遷移能力以及裸鼠成瘤能力，證明KLF3是一個新的促進(jìn)結(jié)直腸癌的轉(zhuǎn)錄因子。
綜上所述，該研究提供了結(jié)直腸癌臨床組織的全面的活性增強(qiáng)子圖譜，通過實驗鑒定出10多個超級增強(qiáng)子在結(jié)直腸癌中的作用，發(fā)現(xiàn)調(diào)控PHF19和TBC1D16的超級增強(qiáng)子是致癌的超級增強(qiáng)子，揭示KLF3是一個新的結(jié)直腸癌的致癌轉(zhuǎn)錄因子，為結(jié)直腸癌的研究的研究提供了重要的表觀基因組數(shù)據(jù)和新的關(guān)鍵調(diào)控因子。
原文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41467-021-26600-5
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