杜紅麗教授課題組在Computational and Structural Biotechnology Journal雜志上在線發(fā)表論文：病毒關(guān)鍵候選突變位點(diǎn)和流行趨勢(shì)自動(dòng)化分析工具
近日，華南理工大學(xué)生物科學(xué)與工程學(xué)院杜紅麗教授課題組在Computational and Structural Biotechnology Journal雜志上在線發(fā)表題為AutoVEM2: a flexible automated tool to analyze candidate key mutations and epidemic trends for virus的研究論文。生物科學(xué)與工程學(xué)院2021屆本科畢業(yè)生席彬彬?yàn)檎撐牡谝蛔髡?，博士研究生陳子曦、本科生李淑華為論文共同第一作者，杜紅麗教授為通訊作者（論文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.csbj.2021.09.002）。
AutoVEM2是在先前課題組開(kāi)發(fā)的針對(duì)新冠病毒關(guān)鍵突變位點(diǎn)和突變亞型流行趨勢(shì)分析工具AutoVEM（Xi, et al. Comp. Struct. Biotechnol. J., 19(2021): 1976-1985）的基礎(chǔ)上開(kāi)發(fā)的，旨在為廣大研究者提供一個(gè)可以自動(dòng)化分析任何病毒（在提供參考基因組的前提下）關(guān)鍵突變位點(diǎn)和突變亞型流行趨勢(shì)的工具（圖一）。AutoVEM2除擴(kuò)展了工具的應(yīng)用范圍之外，還將分析流程分成了三個(gè)模塊并提供了更多的選擇參數(shù)，研究者可以根據(jù)自己的需求進(jìn)行個(gè)性化分析。最后，研究還將開(kāi)發(fā)的工具AutoVEM2應(yīng)用在了HBV和HPV-16關(guān)鍵突變位點(diǎn)篩選以及特定時(shí)期內(nèi)SARS-CoV-2關(guān)鍵突變位點(diǎn)和亞型流行趨勢(shì)分析上（圖二）。
圖一：AutoVEM2主要模塊和各模塊功能
圖二：SARS-CoV-2 主要單倍型在歐洲流行趨勢(shì)
據(jù)悉，杜紅麗教授課題組今年8月份還在Computational and Structural Biotechnology Journal發(fā)表了另外一篇整合組學(xué)分析工具ARMT: An automatic RNA-seq data mining tool based on comprehensive and integrative analysis in cancer research（https://doi.org/10.1016/j.csbj.2021.08.009），論文第一作者為博士研究生黃管大。課題組希望這些研究能為廣大科研工作者提供更加標(biāo)準(zhǔn)化、高效、易用的分析工具。
該項(xiàng)工作得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃(2018YFC0910201)和廣東省重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃(2019B020226001)等項(xiàng)目資助。
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