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陳曉偉團(tuán)隊(duì)鑒定領(lǐng)域長(zhǎng)期探尋的磷脂翻轉(zhuǎn)酶,并提出“脂層不平衡反應(yīng)”的概念
磷脂雙層膜是生命的核心特征之一,從細(xì)胞層面上界定了“非我“和”自我“、并保護(hù)著后者。因此,細(xì)胞起源的假說之一就認(rèn)為:磷脂雙層膜包裹、隔絕了少許溶液和溶質(zhì),從而產(chǎn)生了第一個(gè)細(xì)胞。
磷脂雙層膜的功能核心是具有油、水雙親性的磷脂分子,它們“肩并肩”的排列成為脂層(leaflet),進(jìn)而兩個(gè)脂層相對(duì)排布構(gòu)成雙層膜(bilayer)。磷脂膜的理化性質(zhì)和生物功能,決定了組建它的磷脂分子無法在兩個(gè)脂層之間自由翻轉(zhuǎn)。然而,這種trans-bilayer的磷脂運(yùn)輸,對(duì)生命活動(dòng)又至關(guān)重要。譬如磷脂的合成集中于細(xì)胞的內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的膜上,但僅發(fā)生于細(xì)胞質(zhì)一側(cè)的單脂層(cytosolic leaflet),故磷脂必須翻轉(zhuǎn)至另一側(cè)方可產(chǎn)生完整的雙層膜。有趣的是,盡管生物膜發(fā)生中存在磷脂翻轉(zhuǎn)因子這一猜想在近半世紀(jì)前即被提出,但該因子長(zhǎng)期未能被發(fā)現(xiàn),更罔論其生理、病理功能。
除了生物膜的發(fā)生這一基礎(chǔ)過程,磷脂的跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)也是多種重要生物學(xué)現(xiàn)象的根本;其中最具特點(diǎn)的,乃是血脂運(yùn)輸中對(duì)磷脂的高度依賴和大量利用。北京大學(xué)陳曉偉團(tuán)隊(duì)長(zhǎng)期關(guān)注血脂運(yùn)輸這一基礎(chǔ)研究與臨床醫(yī)學(xué)高度交叉的方向,在近期報(bào)道了特異介導(dǎo)脂蛋白運(yùn)輸?shù)摹胺置谑荏w”SURF4及其開啟的血脂運(yùn)輸通路。SURF4基因在人群中的表達(dá)和血脂水平高度關(guān)聯(lián);僅在動(dòng)物肝臟中失活SURF4即可定量降低血脂直至清零,從而完全防止動(dòng)脈粥樣硬化等心血管疾病的發(fā)生。(Receptor-mediated ER exit of lipoproteins controls lipid homeostasis in mice and humans, Cell Metabolism 2021a)。在此基礎(chǔ)上,該團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步純化并鑒定了SURF4組建的功能復(fù)合體,發(fā)現(xiàn)其中的TMEM41B為領(lǐng)域內(nèi)長(zhǎng)期尋找的磷脂翻轉(zhuǎn)酶,并揭示了其定位于細(xì)胞內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的特定區(qū)域、發(fā)揮produce-and-protect功能的分子機(jī)制,進(jìn)而提出了“脂層不平衡反應(yīng)”的新穎概念。(TMEM41B acts as an ER lipid scramblase required for lipoprotein biogenesis and lipid homeostasis,Cell Metabolism 2021b)
脂質(zhì)(包括甘油三脂、膽固醇等)運(yùn)輸需要以脂蛋白的形式進(jìn)行。脂蛋白在肝臟或小腸的內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔中合成,進(jìn)而被分泌入血液。脂蛋白的組裝需要從內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔一側(cè)獲得大量的磷脂作為包被,故而肝臟和小腸中都存在著組織特異的磷脂合成通路,在細(xì)胞質(zhì)一側(cè)旺盛的產(chǎn)生磷脂;兩相疊加,故而脂蛋白的合成和運(yùn)輸可以被認(rèn)為是磷脂翻轉(zhuǎn)因子發(fā)揮作用的絕佳舞臺(tái)。
陳曉偉團(tuán)隊(duì)先期發(fā)現(xiàn),脂蛋白的分泌受體SURF4組裝了一個(gè)功能復(fù)合體、存在著多個(gè)亟待研究的新穎跨膜蛋白。其中的TMEM41B,可與SURF4及脂蛋白形成特異的三元復(fù)合體,并在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)和高爾基體間穿梭,而在肝臟中失活TMEM41B可導(dǎo)致小鼠的血脂清零。
TMEM41B此前在全基因組篩選中被發(fā)現(xiàn)為自噬所需基因、及冠狀病毒感染的關(guān)鍵宿主基因,結(jié)合其在血脂運(yùn)輸中的重要功能,該蛋白的分子身份愈發(fā)成謎。作者首先從宏觀的代謝調(diào)控得到了啟發(fā):自噬屬于分解代謝、而脂蛋白是合成代謝的產(chǎn)物,這兩大代謝過程此消彼長(zhǎng),卻都需要獲取磷脂這一根本組分用于包被。巧合的是,TMEM41B在三維構(gòu)象上與已有高清結(jié)構(gòu)的ECF復(fù)合體的S亞基高度相似,同源建模后發(fā)現(xiàn)其存在一個(gè)被正電覆蓋的孔道,或可容納呈負(fù)電的磷脂分子。無獨(dú)有偶,內(nèi)質(zhì)網(wǎng)和高爾基體雖然功能迥異,但脂蛋白在這兩個(gè)細(xì)胞器之內(nèi)都不斷進(jìn)行中性脂質(zhì)及磷脂的補(bǔ)充、且需跨雙層膜獲取。
上述的思維實(shí)驗(yàn),啟發(fā)了作者猜測(cè)TMEM41B可能為領(lǐng)域中長(zhǎng)期尋找的磷脂翻轉(zhuǎn)因子。基于此想法,作者首先利用經(jīng)典的體外酶活實(shí)驗(yàn),證明了TMEM41B可以高效且不依賴ATP的跨膜翻轉(zhuǎn)磷脂;進(jìn)而設(shè)計(jì)了基于化學(xué)生物學(xué)的細(xì)胞實(shí)驗(yàn),證明了TMEM41B缺失導(dǎo)致磷脂在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的單側(cè)脂層堆積;更進(jìn)一步借助小鼠epistasis遺傳實(shí)驗(yàn),證明了肝臟中TMEM41B在脂蛋白發(fā)生中特異且不可或缺的功能。上述的生化、細(xì)胞、動(dòng)物實(shí)驗(yàn)相互印證,共同揭示了TMEM41B是內(nèi)質(zhì)網(wǎng)上關(guān)鍵的磷脂翻轉(zhuǎn)酶。
在揭示TMEM41B分子身份的同時(shí),作者同時(shí)發(fā)現(xiàn)其缺失導(dǎo)致了驚人的代謝病變:普通飼料喂養(yǎng)的TMEM41B缺失小鼠在2-4周內(nèi)即可產(chǎn)生嚴(yán)重的脂肪肝并發(fā)展為NASH(通常需高脂飼料誘導(dǎo)近一年),提示了未知應(yīng)激通路的開啟。作者進(jìn)而借助Cryo-ET及數(shù)學(xué)建模的方法,發(fā)現(xiàn)肝臟內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜發(fā)生了嚴(yán)重卷曲、產(chǎn)生了高度不對(duì)稱的脂層;上述的變化導(dǎo)致了SREBP/SCAP從內(nèi)質(zhì)網(wǎng)逃逸和激活,從而在脂質(zhì)分泌受阻的同時(shí)又不受抑制的開啟脂質(zhì)合成;雖然TMEM41B的下調(diào)廣泛的存在于肥胖的小鼠、恒河猴和脂肪肝患者中,但其缺失導(dǎo)致的病變并不激活內(nèi)質(zhì)網(wǎng)未折疊蛋白反應(yīng)(unfolded protein response, UPR),提示了生物膜的合成缺陷或損傷可作為獨(dú)立的應(yīng)激通路,形成 “脂層不平衡反應(yīng)”(leaflet imbalance response)。
值得一提的是,近期的全基因組篩選也發(fā)現(xiàn)TMEM41B為新冠病毒的關(guān)鍵宿主基因(Cell 2021)。因此,上述研究既回答了一個(gè)基礎(chǔ)生物學(xué)中的long-standing question,也有望開啟此前未知的細(xì)胞應(yīng)激領(lǐng)域,并為代謝及傳染疾病的防治提供了新的理論依據(jù)。北京大學(xué)未來技術(shù)學(xué)院分子醫(yī)學(xué)研究所的博士生黃東、許柏林、劉璐為該研究的共同第一作者,陳曉偉為通訊作者;清華大學(xué)李蓬教授及復(fù)旦大學(xué)陳豐榮研究員對(duì)數(shù)學(xué)建模提供了關(guān)鍵的支持;電鏡實(shí)驗(yàn)有賴NIBS及北大生科院電鏡平臺(tái)的技術(shù)支撐。該項(xiàng)目得到了科技部重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、自然科學(xué)基金委重大研究計(jì)劃、及北大-清華生命科學(xué)中心的支持。
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