農(nóng)學(xué)院徐海明教授團(tuán)隊(duì)提出掃描群體基因組選擇位點(diǎn)的統(tǒng)計(jì)新方法及云計(jì)算平臺(tái)
近日，浙江大學(xué)農(nóng)學(xué)院作物所徐海明教授與浙江省人民醫(yī)院、杭州醫(yī)學(xué)院陳國(guó)波副研究員合作，對(duì)無(wú)監(jiān)督式群體基因組選擇位點(diǎn)的探查方法展開(kāi)研究。研究成果論文“EigenGWAS: An online visualizing and interactive application for detecting genomic signatures of natural selection”于國(guó)際生物學(xué)、生態(tài)學(xué)領(lǐng)域頂級(jí)期刊《Molecular Ecology Resources》在線發(fā)表。
通過(guò)群體基因組數(shù)據(jù)可以找到受自然選擇或者人工馴化的遺傳位點(diǎn)。常規(guī)的基因組選擇位點(diǎn)檢測(cè)方法（如FST）一般要求對(duì)群體分群，而群體的亞群信息往往缺失或不易取得，因此亟需一種可以只基于測(cè)序數(shù)據(jù)就能檢測(cè)選擇位點(diǎn)的方法和工具。該研究基于群體基因組數(shù)據(jù)的內(nèi)蘊(yùn)亞群結(jié)構(gòu)，提出了能夠分析各類群體基因組選擇位點(diǎn)的單標(biāo)記回歸方法EigenGWAS，擺脫了傳統(tǒng)方法對(duì)群體標(biāo)簽的要求，建立了一種全新的“無(wú)監(jiān)督式”掃描策略，掃描所得位點(diǎn)具有直觀的生物學(xué)解析。模擬和真實(shí)數(shù)據(jù)表明EigenGWAS能夠有效分析動(dòng)物、植物、人類等各類群體基因組，而且具有更高的統(tǒng)計(jì)功效，為遺傳學(xué)、生態(tài)學(xué)、動(dòng)植物育種、作物馴化等領(lǐng)域的研究提供有豐富的候選基因位點(diǎn)。基于EigenGWAS方法，該研究利用C語(yǔ)言和R語(yǔ)言混合編程技術(shù)開(kāi)發(fā)了EigengWAS基因組選擇位點(diǎn)分析工具，并將其部署到了云計(jì)算平臺(tái)，用戶可以通過(guò)瀏覽器在線進(jìn)行群體選擇位點(diǎn)的分析。
作物所碩士生齊國(guó)安和鄭元庭為該論文的共同第一作者，徐海明教授和陳國(guó)波副研究員為該論文共同通訊作者，該項(xiàng)工作得到國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目（31771392，31671570，31870707）和浙江省人民醫(yī)院科研啟動(dòng)基金（ZRY2018A004）資助。
? ? ?? 論文鏈接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13370
? ? ?? 在線分析平臺(tái)：www.eigengwas.com
? ? ?? EigenGWAS可與進(jìn)化樹(shù)或者STRUCTURE等群體分析方法無(wú)縫配合使用，已發(fā)表的此類優(yōu)秀論文可參照: Science, 2017, 358:365-8, Nat Ecol Evo, 2017, 1:1168-76, Mol Ecology, 2019, 28:3544-60, J Exp Botany, 2021, 74:1307-20.
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