11月27日，我校生命學院呂杰博士在《Molecular Genetics andGenomics》在線發(fā)表了題目為《Identification of 4438novel lincRNAs involved in mouse pre-implantation embryonic development》的研究性論文。
該研究報道了大量在小鼠植入前發(fā)育中表達的且之前未注釋的長基因間非編碼RNAs（lincRNAs）。植入前發(fā)育過程伴隨著母本殘留轉錄組的降解和合子內父母本轉錄本的生成，稱為合子基因組激活。植入前發(fā)育過程中，合子經過了多次分裂，為多細胞生物的發(fā)育提供了基礎，直到著床為止。然而，單細胞測序的技術日漸成熟，才使得解析植入前發(fā)育的轉錄組成為可能。該研究利用單細胞RNA-seq數(shù)據進行轉錄組重建，并鑒定了4438個推測的lincRNAs。和已知基因注釋進行整合，建立了一個包含植入前發(fā)育過程中表達的5808個lincRNAs的參考目錄。利用已建立的預測lincRNAs的管線對這些lincRNAs進行分析，發(fā)現(xiàn)新lincRNAs具有與已注釋lincRNAs相似的基因組特征，并且被染色質修飾等功能基因組學數(shù)據所證實。此外，聚類分析發(fā)現(xiàn)合子第一次分裂形成二細胞的過程中出現(xiàn)了劇烈的轉錄組表達模式的改變，并且合子該過程中差異表達的lincRNAs和啟動子甲基化的變化呈現(xiàn)負相關關系，表明lincRNAs在植入前發(fā)育受到甲基化的調控，值得進一步的實驗研究。植入前發(fā)育過程中表達的小鼠lincRNAs是進一步功能研究的重要資源。對小鼠植入前發(fā)育的機制研究乃至對人類輔助生殖的研究提供了重要的基礎。
發(fā)育生物學實驗室在國家自然科學基金（基于RNA-seq數(shù)據識別胚胎發(fā)育相關的lncRNA及新候選lncRNA的鑒定及功能研究）的支持下圍繞lincRNAs展開了生物信息學和實驗研究兩方面的工作，在《Nucleic Acids Research》（IF: 8.8）、《PLoS ONE》（IF: 3.5）、《Molecular Genetics andGenomics》（IF: 2.8）、《Molecules & Cells》（IF: 2.2）等期刊發(fā)表了許多重要的研究成果，篩選了在動物器官發(fā)育中具有重要意義的lincRNAs，為進一步的功能研究奠定了基礎。
文章鏈接：http://link.springer.com/article/10.1007/s00438-014-0952-z
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