張巖教授課題組在超級(jí)增強(qiáng)子研究的新資源取得重要進(jìn)展
2019年10月31日《Nucleic Acids Research》（IF 11.147）在線發(fā)表了生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院張巖教授課題組的新成果《SEA version 3.0：a comprehensive extension and update of the Super-Enhancer》。超級(jí)增強(qiáng)子（Super-enhancer，SE）是基因組中大量增強(qiáng)子富集的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)域，能夠大幅度地激活基因的表達(dá)，且具有較高的組織特異性，在發(fā)育、腫瘤等過程中均扮演著重要的角色。為了推動(dòng)超級(jí)增強(qiáng)子相關(guān)研究的進(jìn)展和深入，課題組開發(fā)了最新版本的超級(jí)增強(qiáng)子數(shù)據(jù)庫SEAv.3.0（http://sea.edbc.org），集超級(jí)增強(qiáng)子查詢，下載，可視化，分析于一體的綜合平臺(tái)，提供標(biāo)準(zhǔn)查詢、基因組瀏覽器、個(gè)性化分析工具和SEs數(shù)據(jù)下載。數(shù)據(jù)庫存儲(chǔ)了11個(gè)物種164,545個(gè)超級(jí)增強(qiáng)子（人，小鼠，果蠅，線蟲，斑馬魚，雞，黑猩猩，恒河猴，綿羊，非洲爪蟾和棘背魚）以及3,361,785個(gè)典型增強(qiáng)子。同時(shí)提供超級(jí)增強(qiáng)子區(qū)域的染色質(zhì)相互作用、SNPs、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)和SpCas9靶位點(diǎn)的信息。嵌入基于香農(nóng)熵的工具用于評(píng)估SEs細(xì)胞類型的特異性。研究人員通過SEA v.3.0的基因組瀏覽器，可實(shí)現(xiàn)基于Hi-C數(shù)據(jù)的SEs空間交互可視化以及SEs相關(guān)基因的在線功能富集分析。張巖教授指出：“超級(jí)增強(qiáng)子作為細(xì)胞識(shí)別基因的重要調(diào)控子，其調(diào)控機(jī)制的深入解析將有助于揭示干細(xì)胞多能性、定向分化和癌癥重要的調(diào)控子。對(duì)于具體癌癥類型中的超級(jí)增強(qiáng)子的識(shí)別和深入分析將為個(gè)體醫(yī)療提供重要的靶標(biāo)。SEA v. 3.0提供了跨多個(gè)物種的所有可用SE信息的全面數(shù)據(jù)庫，并將促進(jìn)超級(jí)增強(qiáng)子的研究，特別是與發(fā)育和疾病相關(guān)的研究。”
張巖教授為該論文的通訊作者，博士研究生陳傳庚、周殿雙為并列第一作者。課題組的博士和碩士研究生在數(shù)據(jù)搜集、處理過程中做了大量貢獻(xiàn)。本項(xiàng)目得到國家自然科學(xué)基金委項(xiàng)目、哈工大重大科研項(xiàng)目培育計(jì)劃等資助。
論文鏈接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz1028/5610346
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