??? 4月26日，我院PI曹罡教授課題組與信息學(xué)院李國(guó)亮教授課題組在國(guó)際著名期刊Nature Genetics聯(lián)合發(fā)表題為“Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient andcost-effective method for chromosome conformation capture”的研究論文。該論文介紹了一種新染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)（DLO Hi-C），為解析基因組三維結(jié)構(gòu)提供了一種新型高效、經(jīng)濟(jì)的研究方法。博士生林達(dá)與洪萍為共同第一作者，曹罡教授與李國(guó)亮教授為共同通訊作者。
??? 基因編碼區(qū)在基因組序列中只占極少部分。近年來(lái)研究表明其余“基因組垃圾序列”在基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控中發(fā)揮著重要的調(diào)控功能。對(duì)染色質(zhì)構(gòu)象和三維基因組學(xué)的研究可以將基因組上原本分散的遠(yuǎn)距離調(diào)控元件與其具體調(diào)控區(qū)域更好的關(guān)聯(lián)起來(lái)，對(duì)理解基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控、增強(qiáng)子與啟動(dòng)子的相互作用、疾病易感位點(diǎn)、DNA損傷修復(fù)、基因組結(jié)構(gòu)變異和表觀遺傳有著重要的意義。
??? Hi-C技術(shù)是三維基因組學(xué)的主要研究方法，但存在實(shí)驗(yàn)成本高、數(shù)據(jù)噪音大、實(shí)驗(yàn)過(guò)程繁瑣等缺點(diǎn)。為解決這些問(wèn)題，該論文提供了一種新的DLO Hi-C染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)，采用同時(shí)酶切酶連的方式，將DNA接頭連接在染色體內(nèi)切酶切口末端上，然后進(jìn)行鄰近酶連，最后將用MmeI內(nèi)切酶酶切消化，回收固定大小互作DNA片段，從而大大地降低了背景數(shù)據(jù)噪音，獲取質(zhì)量高于傳統(tǒng)Hi-C的數(shù)據(jù)。DLO Hi-C技術(shù)還可以用于染色體易位位點(diǎn)篩選。
??? DLO Hi-C技術(shù)使全基因組染色體構(gòu)象捕獲實(shí)驗(yàn)的成本大大的降低，同時(shí)簡(jiǎn)化了實(shí)驗(yàn)步驟，使得實(shí)驗(yàn)成功率顯著提高，對(duì)輔助基因組組裝、解析基因組遠(yuǎn)程調(diào)控元件的功能、理解疾病易感位點(diǎn)、以及檢測(cè)染色體結(jié)構(gòu)變異有著重要的意義。Nature Genetics同期發(fā)表專門評(píng)論性文章，對(duì)此項(xiàng)研究工作給予了較高評(píng)價(jià)“Lin et al. introduce an elegant dual-linkerstrategy that allows for noise filtering and early quality control.”
文章鏈接：https://www.nature.com/articles/s41588-018-0111-2
同期評(píng)論文章鏈接：https://www.nature.com/articles/s41588-018-0112-1
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