??? 2019 年1月8日，國(guó)際知名學(xué)術(shù)期刊Nucleic Acids Research以“SAGD: acomprehensive sex-associated gene database from transcriptomes”為題在線發(fā)表了我院PI陳振夏教授課題組的最新研究成果，文章報(bào)道了一個(gè)包含眾多物種中性別相關(guān)基因的數(shù)據(jù)庫(kù)。
??? 有性生殖的動(dòng)物通常在形態(tài)、生理和行為等表型上具有顯著的雌雄差異。這種差異是因?yàn)榇嬖谥罅吭诖菩壑g具有表達(dá)差異的基因，也就是性別相關(guān)基因（SAG）。對(duì)性別相關(guān)基因的研究不僅對(duì)于理解基因調(diào)控和演化具有重要意義，而且其在動(dòng)物繁殖和害蟲(chóng)控制中也具有很重要的應(yīng)用價(jià)值。此外，越來(lái)越多的證據(jù)表明，性別相關(guān)基因是影響神經(jīng)退行性疾病、心血管疾病和癌癥等各種疾病風(fēng)險(xiǎn)的關(guān)鍵因素。同時(shí)由于精準(zhǔn)醫(yī)療的興起，性別作為物種間最大的形態(tài)差異不可避免的成為了精準(zhǔn)醫(yī)療的研究重點(diǎn)。雖然目前測(cè)序數(shù)據(jù)眾多，但是依然沒(méi)有一個(gè)是以性別為關(guān)注點(diǎn)，并不適合性別相關(guān)基因的研究。所以為了使跨物種的性別之間的基因表達(dá)比較成為可能，陳振夏教授課題組手動(dòng)收集了目前的測(cè)序數(shù)據(jù)用于差異分析，并將結(jié)果整合成一個(gè)可供訪問(wèn)的數(shù)據(jù)庫(kù)（SAGD）。
??? 課題組通過(guò)整合三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的元數(shù)據(jù)信息，Expression Atlas、NCBI Short Read Archive（SRA）和NCBI Gene Expression Omnibus（GEO），來(lái)篩選合適的數(shù)據(jù)集用于差異分析。最后得到了21個(gè)物種，共2,828個(gè)測(cè)序樣本。從這21個(gè)物種中鑒定了27,793個(gè)雌性偏向的性別相關(guān)基因和64,043個(gè)雄性偏向的性別相關(guān)基因，并將表達(dá)信息整理成數(shù)據(jù)庫(kù)供研究者使用。同時(shí)該數(shù)據(jù)庫(kù)還整合了drugbank的藥物靶點(diǎn)信息，將作為藥物靶點(diǎn)的基因整合進(jìn)基因信息中。數(shù)據(jù)庫(kù)可以通過(guò)多種方式訪問(wèn)到需要的基因，同時(shí)每個(gè)基因都提供了較為詳細(xì)的基礎(chǔ)信息和分析得到的差異信息。該網(wǎng)站還提供了篩選得到的數(shù)據(jù)集的注釋可供研究者做更進(jìn)一步的分析。
??? 據(jù)悉，SAGD網(wǎng)站的建立，為探究性別差異的研究提供了極大的便利。生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院2018級(jí)碩士研究生石夢(mèng)威和張納安為本論文的并列第一作者，陳振夏教授和華中科技大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院郭安源教授為本文的共同通訊作者。該研究工作得到華中農(nóng)業(yè)大學(xué)科技自主創(chuàng)新基金、國(guó)家自然科學(xué)基金等項(xiàng)目的資助。
??? 相關(guān)鏈接：https://academic.oup.com/nar/article/47/D1/D835/5150230
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