凌飛教授課題組聯(lián)合華大基因李林課題組在mSystems發(fā)表結(jié)直腸癌癌旁組織微生物紊亂研究文章
4月14日，我院凌飛教授課題組聯(lián)合華大基因李林課題組在美國(guó)微生物學(xué)會(huì)旗下的mSystems（IF=6.5）雜志上在線(xiàn)發(fā)表以華南理工大學(xué)為第一完成單位的題為Meta-analysis of 16S rRNA Microbial Data Identified Distinctive and Predictive Microbiota Dysbiosis in Colorectal Carcinoma Adjacent Tissue的結(jié)直腸腫瘤腸道微生物研究文章。凌飛老師指導(dǎo)的我院2017級(jí)華工-華大聯(lián)合培養(yǎng)碩士生莫宗超和華大基因黃培德博士為本文的共同第一作者（論文鏈接：https://msystems.asm.org/content/5/2/e00138-20）。
結(jié)直腸腫瘤是當(dāng)前惡性腫瘤當(dāng)中被證明和腸道微生物有密切關(guān)系的癌種。目前已有大量研究利用宏基因組測(cè)序和擴(kuò)增子測(cè)序深入表征結(jié)直腸腫瘤的糞便(Stools)和病灶組織(Onsite Tissue)微生物特性，但對(duì)結(jié)直腸腫瘤周邊組織(Adjacent Tissue)微生物特征的研究尚有不足。
該研究首次基于大規(guī)模的公開(kāi)擴(kuò)增子數(shù)據(jù)集揭示了結(jié)直腸腫瘤周邊組織的微生物紊亂現(xiàn)象。研究發(fā)現(xiàn)，當(dāng)以正常結(jié)直腸組織作為對(duì)照的時(shí)候，結(jié)直腸腫瘤周邊組織與病灶組織的微生物富集和耗竭模式有高度的重疊。進(jìn)一步的網(wǎng)絡(luò)互作分析表明，結(jié)直腸腫瘤周邊組織與病灶組織的微生物相互作用網(wǎng)絡(luò)高度相關(guān)，并且這種相關(guān)性在去除樣本配對(duì)關(guān)系之后依舊成立。
除此之外，運(yùn)用隨機(jī)森林算法，該研究指出結(jié)直腸腫瘤周邊組織的微生物標(biāo)記物可以有效區(qū)分結(jié)直腸癌和正常對(duì)照（曲線(xiàn)下面積AUC=0.958），在性能上和基于結(jié)直腸癌病灶組織微生物標(biāo)記物的分類(lèi)器（曲線(xiàn)下面積AUC=0.960）沒(méi)有顯著差異（DeLong's 檢驗(yàn)p= 0.402），提示通過(guò)對(duì)病灶周邊組織進(jìn)行取樣，一樣可以有效區(qū)分疾病組和對(duì)照組。
該研究為進(jìn)一步研究腸道微生物在結(jié)直腸腫瘤發(fā)生發(fā)展過(guò)程中的生物學(xué)機(jī)制提供了重要線(xiàn)索，為進(jìn)一步明確結(jié)直腸腫瘤病灶組織和周邊組織的“微生物-宿主”相互作用奠定基礎(chǔ)。這一發(fā)現(xiàn)亦或可推動(dòng)未來(lái)基于腸道微生物的結(jié)直腸腫瘤檢測(cè)研究和應(yīng)用。
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