浙江大學全球油菜基因資源數(shù)字化利用交互式網(wǎng)站上線
近日，浙江大學作物所發(fā)布了全球油菜基因資源數(shù)字化利用數(shù)據(jù)庫與交互式網(wǎng)站BnaSNPDB，該網(wǎng)站的源代碼、利用說明以及簡明語音教程的鏈接等詳盡信息于2020年9月30日在線發(fā)表于計算與結(jié)構(gòu)生物領域具有較高影響力的Computation and Structural Biotechnology Journal 雜志（論文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.09.031）。 作物所2017級博士研究生嚴濤是該論文的第一作者，蔣立希教授為該文通訊作者。
對主要作物的種質(zhì)資源做基因組序列進行鑒定是作物育種領域一項重要的基本建設。早在三年之前，浙江大學作物所即著手開展世界油菜種質(zhì)資源基因組測序與重要功能鑒定工作，并在美國NCSI上載了6T的原始序列數(shù)據(jù)。有效利用這些數(shù)據(jù)，很大程度上依賴編程技術(shù)與用戶端的命令行環(huán)境，這對于大多數(shù)作物育種工作者來說，是一項具有難度且耗時、耗力的工作。浙大作物所發(fā)布的BnaSNPDB網(wǎng)站，是一個用戶界面友好的交互式網(wǎng)站，它保存了一千份以上油菜種質(zhì)材料基因組數(shù)據(jù)，提供了連鎖不平衡分析、基因聚類進化樹分析、基因分型、以及GWAS分析等多種分析模塊，用于檢索、分析和可視化全球1007份油菜種質(zhì)資源的單核苷酸多態(tài)性。該交互式網(wǎng)站的優(yōu)勢是兼容性、擴展性強，且容易移植到不同的操作系統(tǒng)上。該數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站對于加速油菜功能基因組學研究和分子育種具有重要意義。
目前數(shù)據(jù)庫在浙江大學（http://rapeed.zju.edu.cn：3838/bnasnpdb），以及阿里云（http://121.41.229.126：3838/bnasnpdb）上運行，數(shù)據(jù)集和代碼發(fā)布在https://github.com/YTLogos/BnaSNPDB
(作物所供稿)
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